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他又和王志新等一起提出第二遗传密码的研究设想，并且正在组织力量予以实现。邹承鲁早期在剑桥工作时，适值二次世界大战之后，实验室的设备条件比较艰苦，但由此得到的训练使他认识到，科学研究工作最根本的在于好的想法，因此一个好的科学家即使在简单的工作条件下也要善于在条件许可的范围内做出优秀的工作。如果没有自己独创的学术思想，即使拥有大量世界上最先进的仪器，最多也只能做一些收集数据的工作，为别人的学术体系锦上添花，所以他善于启发和鼓励学生在简单的条件下做出优秀的工作。这当然不是说实验科学不需要物质条件，没有实现自己学术思想的先进实验手段，再好的学术思想也不可能开花结果。
邹承鲁为我国生物学界培养了一大批人才，其中不少现在已经是国内外知名的科学家，有的已成为中国科学院院士。自建立博士后和学位制度以来，他已培养了博士后12名，其中包括美国和德国的各一名；博士生35名，硕士生22名。四十多年来，在国内外重要杂志发表科学论文二百余篇。由于在生物化学领域内的贡献，他曾获1989年陈嘉庚奖和1992年第三世界科学院生物学奖。他先后曾获国家自然科学奖一等奖两次，二等奖三次。中国科学院科技进步奖和自然科学奖一等奖四次，国家自然科学奖三等奖及中国科学院自然科学奖二、三等奖多次。
邹承鲁治学严谨，思想活跃，同时进行几个方面的工作都有建树。在南开中学和西南联大的学习，为他一生的科学研究工作奠定了良好基础。他热爱科学研究，认为探索未知是一种最大的乐趣。他似乎没有节假日，永远沉浸在查阅文献、思考问题和撰写论文之中。他常说在他头脑清楚，身体健康的时候，让他放弃热爱的科学研究工作而过退休生活是不可思议的。在年近八十的今天，他仍满怀信心，自信还有能力去解决有些重要的科学上尚未解决的问题，所以一直到现在，他仍然在考虑开创新的研究领域。近年来提出的新生肽链折叠和第二遗传密码的问题，都是当前分子生物学领域中尚未解决的重大问题。
熟悉邹承鲁的人都知道他喜欢直言不讳，为此得罪了不少人。1957年他曾为一些言论受到不公正对待，但他高兴地看到这些当时所谓的错误言论，如对有海外关系的人不应予以歧视，允许研究生和导师相互选择，以及应该由科学家领导科学院等，自改革开放以来都已作为党的政策而成为现实。
他一贯强调基础研究，不断呼吁要重视基础研究，加强对基础研究的支持。他认为基础研究的目标是认识自然，如果不能很好地认识自然，那么以改造自然为目标的应用研究就成为无源之水，无本之木。基础研究水平又是体现国家综合国力的一个重要指标。他对于我国基础研究近年来停滞不前甚至有滑坡趋势深感忧虑。他还认为关于科学技术必须面向国民经济的口号应该正确理解为科学技术必须面向国民经济的可持续发展。没有雄厚的基础研究力量作为后盾，就谈不上在高技术方面的创新，提高我国高技术产品在国际市场上的竞争力也只能是一句空话。
他一贯坚持科学上的重大决策应该充分听取科学家的意见，科学上的是非只能依靠科学家的评议，最终只能依靠长期科学实践来判断。他反对用行政手段决定科学问题的是非，或者是表面采用专家评论的形式，实际上仍然由行政领导决定。他特别反对科学界的个别人以夸大宣传，欺骗领导，再通过媒体哄炒甚至用弄虚作假等不正当方式谋求名利。他认为科学上的贡献，只能靠从踏实的工作中所取得的成果，根据在科学期刊上公开发表的论文，经过国内外科学界反复的实践，逐渐取得国际的公认。绝不能靠向领导作自我夸张宣传，或利用新闻媒介，谋求廉价的新闻价值，从而取得所谓荣誉。科学是严峻无情的，这样取得的廉价荣誉是经不起时间考验的，终究将被时间所淘汰。关于科学道德和正确评价基础研究成果等问题的论文，由邹承鲁执笔，多位院士署名曾在报刊上多次发表，以期引起有关领导、科学家和媒体的注意。
在世界上，他对生物化学的贡献已得到承认并载入史册。应外国朋友的邀请，他所撰写的自传已在有影响的国际性丛书《综合生物化学》中生物化学史部分第三册(总第37卷)上发表，是我国生物化学家在此丛书上发表自传的第一人。
1951年回国后，邹承鲁历任中国科学院生物化学研究所、生物物理研究所副研究员，研究员，室主任，生物物理所副所长，生物大分子国家重点实验室主任，中国科学院学部主席团委员，生物学部主任等职。1978年—1997年，任全国政协第五至八届委员、八届常委。1980年当选中国科学院学部委员(院士)，现为第三世界科学院院士，美国生物化学与分子生物学会荣誉会员。邹承鲁曾任一些国内外重要科学期刊编委，包括《中国科学》和《科学通报》副主编，Analytical
Biochemistry(美国)及Biochimica et Biophysica Acta(荷兰)编委、FASEB
Journal(美国)及Biochemistry(美国)顾问编委等。1981年—1982年应聘担任美国哈佛大学访问教授。1986年—1990年间曾分期担任美国国立健康研究所研究员。
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